Markergene werden benutzt, um zu überprüfen, ob eine Transformation - also die Einführung eines Gens in eine neue Zelle - erfolgreich war. Weiterhin dienen sie der Orientierung bei der Suche bzw. Festlegung anderer Gene innerhalb eines Chromosoms. Marker können sowohl natürlich vorkommende, als auch gentechnisch eingebaute DNA-Abschnitte sein. An Bedeutung gewannen Marker seit Beginn der Forschungen über Antibiotikaresistenzen.